核心提示:随着深度测序技术的发展与成熟，产生了海量的基因组/表观基因组的数据（包括各类常见和罕见变异、insertion/deletion, CNVs, RNA-seq, mRNA-seq,。
一、背景
随着深度测序技术的发展与成熟，产生了海量的基因组/表观基因组的数据（包括各类常见和 罕见变异、insertion/deletion, CNVs, RNA-seq, mRNA-seq, methylation-seq and Chip-seq），统计遗传学和系统生物学方法是当前研究多基因复杂疾病易感性，复杂疾病的发生机制和疾病防治与药物开发的主要技术手段，并将成为我国 基因组医学自主创新的重要条件。越来越多的证据表明，复杂疾病是由多基因，基因-基因相互作用，基因与环境相互作用所引起的。这些基因和基因，基因与环境 的相互作用，或者更广泛地说遗传，表观遗传和环境形成一个多层次的复杂生物网络。正是这些复杂网络的变异引起了疾病的发生与发展。研究疾病的发生与发展的 主要工具是统计遗传学和计算系统生物学。统计遗传学运用遗传学与数学的理论和方法，归纳整合群体遗传学、遗传流行病学、数量遗传学、生态遗传学和分子遗传 学等分支学科内容，涉及遗传连锁分析、遗传关联分析、群体遗传结构与分化分析等众多内容。特别是随着Illumina,ABI 等公司新的测序技术的推广应用，基于大规模全基因组测序数据的深度分析将成为多基因复杂疾病遗传易感性关系和基因定位研究的主要方法。
然而，针对这种全基因深度测序数据的分析，统计遗传学面临着巨大挑战和革命性变化，本讲 习班将提供标准多变量分析到功能数据分析、独立取样数据到非独立取样数据、低解析度数据到高解析度数据、单个基因组/表观基因组变异到多个整合基因组/表 观基因组数据分析的全套解决方案。目前，国际上在该领域的试验设计和统计分析技术进展很快，本次讲习班的目的就是为中美统计遗传学领域的专家学者、计算系 统生物学家、从事复杂疾病遗传易感性研究的专业人员、生物信息科学工作者、研究生提供一个互相交流的平台，并为今后的项目交流和相互合作创造条件。
二、会议主题：统计遗传学与基因组学
We recognize that next generation sequencing technologies have raised expectations for new genomic and epigenomic knowledge that will be translatable into novel therapeutics and insights into human health issues. However, immense biomedical complexities obstruct clinically valuable discoveries hidden under the deluge of high dimensional data and extensive analyses. To develop new analytic paradigms and novel statistical methods for sequence-based genomic and epigenomic data analysis needs to overcome the serious limitations of the current paradigms and statistical methods for genomic and epigenomic data analysis which has mainly been designed for microarray data. We will also need to confront the great challenges of genomic and epigenomic data analysis raised by the next-generation sequencing (NGS).
By this workshop, we will gain insights of the statistical challenges arising from next-generation sequencing data analysis and foster discussions about the paradigm shift in genomic and epigenomic data analysis. The presented concepts, methods and algorithms will open a new avenue for the attendee on the analysis of growing bigger and bigger genomic and epigenomic data generated by the NGS.
三、会议日程
2015年6月1日 会议注册报到（全天上午8：00-23：00）地点:青海民族学院生命科学学院
2015年6月2 日 上午：开幕式主题发言、特邀报告（金力）
1. Big genomic, epigenomic, physiological and imaging data analysis (Momiao Xiong)
(1) Association Analysis with next-generation sequencing (NGS) data (Momiao Xiong)
(2) Genotype-phenotype Network Analysis (Momiao Xiong)
(3) Causal Inference as a Unified Framework for Integrative Analysis of Genomic, Epigenomic, Physiological and Imaging Data Analysis (Momiao Xiong)
下午专题课：统计遗传学理论方法培训与研讨
1．复杂疾病基因定位中的连锁分析方法及fbat/pBAT上机实习（YinYao）
2. 群体基因组学与基因定位研究（徐书华）
2015年6月3 日 上午: 特邀报告（钟杨）
2. Interaction analysis with NGS Data
(1) Qualitative trait (Momiao Xiong)
(2) Quantitative trait (Momiao Xiong, Futao Zhang)
(3) Interaction analysis with functional response data and its application to sleep apnea (Momiao Xiong)
(4) Nonlinear Structural Equation and Its Application to Interaction Analysis (Momiao Xiong)
(5) softwarefor interaction analysis with NGS data (Momiao Xiong, Futao Zhang)
下午专题课：统计遗传学理论方法培训与研讨
1. 群体遗传结构对关联分析的影响（何云刚）
2. 人类群体中正向选择信号的检测（汪思佳）
2015年6月4 日 上午： 特邀报告（卢大儒）
3. Historical and Modern psychiatry genetics (Yin Yao)
(a) Moving from Common to Rare variants
(b) Moving from gene-based to pathway-based analysis, a lesson learned from OCD drug effect study
下午专题课：比较基因组学和分子进化中的统计分析方法（谷迅）
上机实习（苏志熙）
2015年6月5日 上午： 特邀报告（日本专家长谷川政美）
4. Family-based association studies for common and rare analysis
(1) Family-based association analysis: from candidate gene to Gwas and NGS (weighted and un-weighted, Yin Yao)
(2) Integration analysis of gene expression and SNP data (Yin Yao)
(3) Analysis of gene expression microarray data (Huiqi Qu)
下午专题课：全基因组测序数据分析（周雁）
理解复杂的转录组：从头到尾(倪挺)
上机实习(倪挺等)
2015年6月6日 市区生物多样性考察
2015年6月7日 代表离会
四、特邀报告人
1.金力，博士、复旦-浩青特聘教授、中科院院士。研究领域涵盖医学遗传学、遗传流行病 学、计算生物学、人类群体遗传学和基因组学。承担973、863等多项国家重点研究项目和重大课题。在国际学术刊物如Nature、Science、 PNAS、American Journal of Human Genetics等发表论文200余篇。Human Genomics、现代人类学通讯主编。
2.熊墨淼，教授，博士生导师。现任美国德州大学公共卫生学院终生教授，复旦大学现代人 类学教育部重点实验室兼职教授。主要研究领域为统计遗传学，系统生物学与大数据分析。先后主持和承担了多个NIH课题。 在基因之间、基因与环境之间交互作用模型、遗传网络构建等方面成绩显着。在Nature, PNAS、American Journal of Human Genetics、Genetics等国际学术刊物发表论文170余篇。
3.Yin Yao，教授，博士生导师。哥伦比亚大学遗传学博士，法国里昂国际癌症研究所博士后。复旦大学现代人类学研究中心特聘教授，现为美国NIH精神疾病研究所 研究员, Chief, Unit of Statistical Genomics, NIMH。多年来一致从事复杂疾病遗传易感性研究。先后主持和承担了多个NIH课题，具有丰富的复杂疾病遗传易感性研究关联分析工作经验。在Nature Genetics、Science、American Journal of Human Genetics、Molecular Psychiatry, Schizophrenia Bullion Board, Cancer Research等国际学术刊物发表论文160余篇。
4.卢大儒，教授，博士生导师。复旦大学生命科学学院遗传学研究所教授。主要研究方向为基因组医学，人类遗传学， 基因治疗。发表SIC论文百余篇，获奖30余项。兼任中国遗传学会副秘书长等职，和实验生物学报、国外医学遗传学分册和突变癌变畸变杂志编委等。
5.谷迅，教授，博士生导师。美国爱亥华洲立大学遗传学系教授，复旦大学生命科学学院遗传学研究所教授。主要研究方向为比较基因组学、生物信息学、系统生物学。在国际学术刊物上发表论文多篇，获奖多项。
6．钟杨，教授，博士生导师。复旦大学生命科学学院教授，西藏大学特聘教授（教育部长江 学者），国家杰出青年基金获得者。现任西藏大学校长助理、复旦大学研究生院院长、国家“863”生物资源与安全技术主题专家组成员。BMC Bioinformatics、科学通报、Journal of Systematics and Evolution、Computer Methods and Programs in Biomedicine、Protein & Cell和Computer Biology and Chemistry等学术刊物编委。主要从事分子进化研究及生物信息学分析,发表SCI论文180余篇，曾获国家发明二等奖和教育部自然科学一等奖。
7．徐书华，博士，现为中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所研究员、研究组长、博士生 导师。主要从事人类群体遗传学和计算基因组学研究，包括混合人群的遗传结构、环境适应和基因定位策略等。部分相关工作发表在Science、 American Journal of Human Genetics、Molecular Biology and Evolution等杂志30多篇。曾获全国百篇优秀博士论文、中科院青年科学家奖、上海市青年科技启明星、教育部自然科学奖（一等奖）(第二完成人) 等。
8.何云刚，博士，中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所研究员。主要从事人类群体遗传学和计算基因组学研究，并着重于基因组多态性的群体遗传学， 计算基因组学和疾病研究中的计算生物学问题。部分相关工作发表在PNAS、Cell Research等杂志。
9．汪思佳，博士，研究员，博士生导师。现为马普Paul Gerson Unna青年科学家小组组长，加入中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所。主要从事人类群体遗传学研究。近年来的相关工作发表在Cell、PLoS Genetics、American Journal of Human Genetics等杂志。
10. 屈会起，博士，美国德州大学公共卫生学院助理教授，多年从事糖尿病的人类遗传学和功能基因组学研究，发现了多个新的1型糖尿病基因，并精确定位了一个决定 内分泌胰腺发育的新基因RFX6。其新近对墨西哥裔美国人的糖尿病遗传研究揭示了影响胰岛素抵抗的重要机理。自2009年以来，屈会起担任Journal of Medical Genetics杂志(IF= 6.365)的副主编，并担任BMC Medical Genetics和其它数个遗传或糖尿病专业杂志编委。目前已在国际糖尿病和遗传专业刊物上发表论文50余篇。
11. 倪挺，博士，研究员，博士生导师。现为复旦大学生命科学学院研究员并入选中组部“青年千人”计划。主要从事真核生物全基因组水平的基因表达调控研究。针对 转录起始、过程调控、转录终止这三个核心环节，系统创建了基于高通量测序方法的转录研究体系，特别是转录起始位点、反义转录体和多聚腺苷酸加尾的全基因组 水平精确定位。在Nature Methods(一作), Nature Protocols(一作), Nature(共同作者), PNAS(共同作者, 三篇)等杂志发表多篇重要论文。申请13项中美专利，5项已获授权。
12．长谷川政美（Masami Hasegawa），教授，博士生导师。现为复旦大学生命科学学院特聘教授，为国际知名的进化生物学家，长谷川政美擅长分子进化建模（着名的HKY模型作 者），曾担任该领域国际主流刊物Molecular Biology and Evolution、Moecular Phylogenetics and Evolution和Applied Bioinformatics等副主编（编委），发表论文180余篇。
13.周雁，教授,博士生导师。现为复旦大学生命科学学院微生物学与微生物工程系教授， 上海人类基因组研究中心研究员、生物信息部主管，上海市生物信息协会理事。参与人类基因组计划、水稻基因组计划与家蚕基因组计划，负责完成日本血吸虫基因 组、棘球绦虫基因组计划注释工作。所做工作发表在《Nature》、《Nature Genetics》、《Science》、《Nucleic Acids Research》等国际一流杂志。
五、组织委员会
主任委员：金力 (复旦大学和中科院计算生物所)
委员：熊墨淼（复旦大学）、姚音（复旦大学）、卢大儒(复旦大学)、林鹏程（青海民族学院）、徐书华（中科院计算生物所)、何云刚（中科院计算生物所)、谷迅（复旦大学）、汪思佳（中科院计算生物所)
秘书长：林鹏程（青海民族学院）
六、联系方式
青海民族学院：
联 系 人：林鹏程
通讯地址：校区 生命科学学院
复旦大学联系方式：
联 系 人：钱吉 王玲娥
通讯地址：上海市淞沪路2005号复旦大学遗传学研究所200438
电话：021-51630629
传真：021-51630629
E-mail: qianji2012@126.com
七、注册费汇寄
（1）银行汇款方式：
户名：复旦大学
帐号：中国农行五角场支行营业部033267－08017003441，用途：论坛会议费
请注明：“统计遗传学与基因组学讲习班”
八、主办单位：青海民族学院、复旦大学
九、承办单位：青海民族学院、复旦大学
十、协办单位：中科院-马普计算生物学伙伴研究所
十一、会议时间：2015年6月1日至2015年6月7日
十二、会议地点：青海省西宁市
会议注册报到地点: 青海民族学院 生命科学学院（待定）
会议注册费：
a.2015年4月30日前注册：
正式代表：3000元/人
学生代表（博士、硕士研究生）：2800 元/人
b.2015年4月30日后及现场注册：
正式代表：3600元/人
学生代表（博士、硕士研究生）：3200 元/人
c.会议注册费说明
注册费包含资料费、餐费。
4月30日之前通过网上（loca.fudan.edu.cn/sgc_main.html）注册交费的代表均按以上标准优惠。
代表的交通费、住宿费回原单位报销。
复旦大学现代人类学研究中心
2015年1月
会议地点：北京市
会议时间：
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