《第二军医大学学报》是由第二军医大学主管、主办，国内外公开发行的综合性医药卫生类学术刊物，1980年6月创刊。
本刊为月刊，A4开本，80g铜版纸彩色双胶印刷。国内统一刊号：CN 31-1001/R,国际标准刊号：ISSN 0258-879X。国内邮发代号：4-373，国外代号：M 3852。本刊面向全国和海外作者征稿，主要报道基础、临床、预防、军事医学、药学和中国医学等领域的最新科研成果。由著名肝胆外科专家、国家最高科技奖获得者吴孟超院士任主编。辟有：院士论坛、中青年学者论坛、专家论坛、专题报道、论著、研究快报、海洋军事医学、临床病理（例）讨论、病例报告等栏目。读者对象主要为从事医药卫生工作的中高级科研、医疗、教学、预防机构人员和高等医药学院校的师生。
本刊一直被《中文核心期刊要目总览》确认为“中国综合性医药卫生类核心期刊”；是“中国科学引文数据库统计源期刊”“中国科学引文数据库源期刊”；被包括中国学术期刊综合评价数据库、万方数据——中国数字化期刊群等在内的国内所有重要检索系统收录，并被荷兰《医学文摘》（EMBASE）、美国《化学文摘》（CA）、美国《剑桥科学文摘》（CSA）、英国国际农业与生物科学中心（CABI）文摘数据库、俄罗斯《文摘杂志》（РЖ）、波兰《哥白尼索引》等国际知名检索系统收录。
自1980年以来，《第二军医大学学报》先后多次获全国、全军、教育部和省、市优秀科技期刊评比一、二等奖。2002年获得“第二届国家期刊奖百种重点期刊奖”、2005年获得“第三届国家期刊奖提名奖”，2006年获“首届全国高校精品科技期刊奖”和全国高校优秀科技期刊评比一等奖、2008年被评为首批“中国精品科技期刊”，并荣获第二届中国高校精品科技期刊奖。