《北京中医药》（原《北京中医》）是具有北京地方性特色的中医药综合性学术期刊，其创刊与发展历程有着特殊性。l95l年5月，北京中医学会出版委员会成立，董德懋任主任委员，创办了《北京中医》。同年5月，《北京中医》第1卷创刊号出版（双月刊）。1952年改为月刊。1951～l954年期间，《北京中医》共出版27期，约200万字，发表政令传达类文章50篇，学术研究类文章150篇，临床经验介绍96篇，专门论著8篇。每期平均发行7000册，订户遍及全国各地。有的单位采取集体订阅，以《北京中医》为学习材料。《北京中医》不仅是北京地区中医专业人员学习和提高的园地，也是面向全国医务人员学术交流的窗口，为继承、发扬我国的中医药学遗产，传播中医学术经验发挥了应有的作用。
1955年1月，为了响应政府重视祖国医药文化遗产的伟大号召，贯彻第三届全国卫生行政会议关于“改进和提高中医药刊物”的决议，同时应广大的读者的要求，《北京中医》扩展全国性中医刊物，并更名为《中医杂志》，仍由北京中医学会主编，交由人民出版社出版。从《北京中医》到《中医杂志》，北京的中医出版事业有了一定基础。
20世纪70年代全国掀起了改革开放的热潮，此时《中医杂志》已经由中国中医科学院（原中国中医研究院）主办。北京做为中国的首都，没有一本中医专业的学术期刊，与当时的形势和北京的中心地位极不相称。l980年初，卫生部党组通过了“三支力量”（中医、西医、中西医结合）同时发展为好的方针，为中医药和中西医结合医学的发展指明了方向。在此历史背景下，经北京中医药学会（原中华全国中医学会北京分会）和北京中西医结合学会（原中国中西医结合研究会北京地区分会）常务理事会研究决定，申请创办《北京中医》杂志。1981年4月，经北京市委宣传部批准，《北京中医》再度创刊，由北京中医药学会与北京中西医结合学会联合主办。同年，《北京中医》第一届编委会成立，北京中医医院关幼波、北京市卫生局高寿征任总编辑，北京市鼓楼中医医院李惠治任常务编委（专职），并筹备成立了《北京中医》编辑部。1982年3月3l日《北京中医》创刊号正式出版、发行。卫生部中医司吕炳奎司长为杂志撰写的发刊词中指出，北京是历代名老中医云集之处，是十分宝贵的医学财富。他号召中医界同行对中国医药学“要坚定不移地予以继承、发掘、整理、提高，并实现其现代化”，“坚持实事求是、理论联系实际的原则，认真执行‘百花齐放，百家外鸣’的方针，在宣传贯彻党和国家对卫生工作的方针、政策的过程中，为促进中医药学和中西医结合研究的发展做出贡献。”任应秋教授在贺信中写道：“全面系统地按照中医学术本来面貌的继承，使问题的关键。只有很好的继承，才谈得上发展。否则，就会出现偏差，走入歧途。我们要扎扎实实地在理论和实践方面下一番苦功夫，促进中医现代化，使中医学在科学不断发展的今天，得到更好地发扬光大，造福于人类。”
《北京中医》杂志的主要办刊宗旨是宣传国家的政策法规，研究学术，交流经验以及加强中西医团结。坚持百花齐放、百家争鸣的双百方针，发扬学术民主，面向基层，服务于临床，努力突出中医特色和北京特色。创刊之初，开设了老中医经验、临床报道、学术争鸣、文献综述、讲座、短篇报道、医史研究、病案讨论、学术讨论侧记等栏目。l985年，为了配合“世界青年节”，开辟了“青年中医园”专栏。其主要栏目设有老中医经验、一代名医、临床报道、学术争鸣、中药与方剂、针灸经络、气功养生、中医护理、医史、讲座、文献综述、国内外中医动态、青年中医园地、医文举要、验方初编等。
2006年10月，第三届常务编委会金世元等专家提出，北京是中国文化、经济的中心，也是中医药人才的荟萃和学术争鸣与发展的核心地区。要把北京的中医药学术期刊办成与首都地位相称，真正反映北京和全国中医药学术动态与水平，起到学术导向性作用，除要对期刊的办刊宗旨和特色建设等方面进行适应性调整外，还要根据中医学科“医药并重”的特点对期刊的读者对象进行再定位。建议将《北京中医》的中文刊名变更为《北京中医药》，以促进中医药事业的整体发展。经北京市中医管理局同意，国家新闻出版总暑批准，《北京中医》杂志于2008年1月正式更名为《北京中医药》。
1982年《北京中医》创刊后定为季刊，每季度最后一个月的30日出版，附有日文目录。1985年改为双月刊，每逢双月25日出版，并增加了英文目录。1993年取消了日文目录。2006年改为月刊，每月25日出版。截止到2000年底，《北京中医》编辑部已编辑出版正刊108期，增刊7期，刊出学术论文6070多篇，国内外公开发行136.5万多册。
《北京中医》编辑部成立之初，暂在北京东单三条甲7号北京医学会情报所办公，l981年底迁址到北京中医医院中医研究所，1982年初又迁回北京东单三条甲7号北京医学会的办公地点。1989年，因北京医学会办公地点改造，《北京中医》随北京医学会一起迁至雅宝路首都儿科研究所宿舍楼地下室。1991年，正式回迁至北京东单三条甲7号至今。